木偶戲在日本也被稱之人形劇、操劇、操人形以及後來的文樂等。日本的木偶種類繁多，既有杖頭木偶，也有懸絲木偶；既有手指控制的小木偶，也有機關操縱的大木偶等。僅是木偶人的頭就有幾十種之多。據日本學者吉永孝雄統計，在男人頭中老人頭八種，中年頭十八種，青少年頭五種，共三十一種。在女木偶中，老年頭三種，中年頭四種，少女頭七種。每一種類的日本木偶劇名稱都有自己的來源，在演出上也各有特點，但都是傀儡戲。
在這些傀儡戲中，最主要的一種就是木偶淨溜璃。木偶由頭部、軀幹、手、足、服裝組成，長約1米至1.5米，重量不等，較重的可達10公斤。與中國木偶劇不同的是，操作者身著黑衣蒙面出現在舞臺上。每個木偶由三個人操作，女性的木偶沒有腳，和服底襟的擺動甚是巧妙。
起源：日本早期的木偶戲和淨溜璃曲結合而成
關於淨琉璃，在日本流傳著這樣的一個故事：室町末期，有一個名叫小野阿通的武家侍女，奉命把牛若九（源義經幼名）和淨琉璃姬的戀愛故事編成十二段曲演唱。主要內容是說，三河國一個富翁的女兒淨溜璃姬，是一個十分美麗而多才多藝的少女。她精通古今詩文樂理，善彈琵琶。年輕的牛若在東下時路經此地，與淨琉璃姬偶然相逢，互相產生了愛情。然後好事多磨，牛若因受壞人所害，在重病中被丟在河灘上。淨溜璃姬聞訊尋找牛若，夜間在海濱哭泣不止。淨琉璃姬的真摯的愛情感動了上天諸神。在大小神靈的幫助下，淨琉璃姬終於哭活了牛若。但牛若是一個有才略有抱負的青年。他不得不與淨琉璃姬暫時告別，繼續東下。
這個動人的故事是用剛剛從琉球傳入日本的新樂器三味線來伴奏的。三味線又譯三弦，原是琉球的民族樂器。琉球多蛇，這種樂器是用蛇皮製成，所以也叫蛇皮線。這就產生了淨琉璃曲，但這還僅是一種有樂器伴奏的說唱藝術。
後來，在慶長年間（十七世紀初葉），盲人目貫屋長三郎和木偶師引田研究，才把淨琉璃曲和木偶戲結合起來，創造了所謂木偶淨琉璃這樣一個新的劇種。
發展：歷經滄桑現在仍然充滿魅力
十七世紀的木偶只有手腳動作。到了十八世紀，木偶人的手指、眉眼、口舌等部位就都能作出細膩的表演了。江戶初期已有簡陋的木偶劇場（操芝居小屋）。舞臺上有兩道幕，一是前面的大幕，二是畫了景的天幕，天幕上常常畫著山景，故稱作“山簾”。十八世紀開始使用硬景。江戶中期是日本木偶戲的全盛時期。
從此以後，木偶淨琉璃劇就作為一個新的劇種而得到廣泛發展，受到廣大市民階層的歡迎。木偶淨琉璃的題材逐漸有所擴大，除演唱牛若的故事外，也出現了宣傳宗教信仰的《阿彌陀剖胸》和一些描寫武士生活村戰爭故事。在流傳的過程中，劇本的結構、詞章、曲調等都不斷得到改進。京都木偶淨蹈璃藝人並上播磨椽對淨溜璃的唱腔進行了加工，增設了佈景。
明治以後，木偶戲開始衰落，木偶淨琉璃開始向歌舞伎轉化。這時比較著名的木偶劇團是大阪的文樂座。一九二六年文樂座失火，比較貴重的木偶大部燒毀。後來的日本木偶工作者在恢復和發展木偶戲的工作中做了很多工作，到現在為止，木偶戲仍是日本人民非常喜愛的演劇形式之一。
